Незадолго до смерти Айртон Сенна создал благотворительный фонд Ayrton Senna Foundation, целью которого была помощь бедным молодым людям в Бразилии и в других странах. После смерти Сенны, по его завещанию, к этому фонду перешло всё его состояние, которое на тот момент составляло более 400 млн долларов. Поэтому и в наши дни имя Сенны для миллионов людей в мире связано с надеждами на лучшую жизнь.

Для тех, кто знал Сенну, он остаётся примером высочайшего профессионализма, который сочетался с человечностью и обаянием. Многие из известных в Формуле-1 людей, много сделавших для её развития — Берни Экклстоун, Макс Мосли, Рон Деннис и другие — говорили в своих интервью, что считают именно Сенну лучшим гонщиком всех времён, и не только из-за показанных им результатов в гонках, но и из-за того влияния, которое он оказывал и продолжает оказывать на умы многих людей. Примечательно, что по прошествии нескольких лет после смерти Сенны Берни Экклстоун заявлял, что после ещё нескольких побед Шумахера о Сенне, как и о Просте и других уже не выступающих гонщиках, быстро забудут, однако позже изменил своё мнение.

Завоевав звание чемпионов мира по футболу в 1994 году, бразильская сборная развернула на поле плакат, посвящающий этот титул Айртону Сенне.

В 2000 году в Бразилии был проведён социологический опрос, в котором бразильским гражданам предлагали назвать лучшего бразильца за всю историю страны. Результаты опроса показали, что самым великим из бразильцев считается Айртон Сенна, несмотря на то, что к тому времени было известно немало выдающихся бразильцев (например, Пеле).

Журнал F1 Racing дважды после смерти Сенны, в 1997 и 2004 годах, проводил опросы экспертов для определения лучших гонщиков за всю историю Формулы-1. В опросах участвовали 77 экспертов, каждый из которых должен был назвать 10 гонщиков, которых он считает лучшими, затем результаты сводили, и список ста лучших гонщиков публиковался в журнале. По результатам обоих опросов Сенна занимал первые места, опережая таких известных гонщиков, как Михаэль Шумахер, Ален Прост, Хуан Мануэль Фанхио и Джим Кларк. После публикации результатов опроса 2004 года редакция журнала получила множество гневных писем от поклонников Михаэля Шумахера, который имел к тому моменту шесть чемпионских титулов — авторы писем считали, что первое место может принадлежать только Шумахеру. В одном из следующих номеров журнала были опубликованы несколько таких писем и пояснение, в котором говорилось, что эксперты оценивали не число титулов, побед или очков, а масштаб личности гонщика.

В том же году, в десятилетие смерти Сенны, в Бразилии вышла книга Эрнесто Родригеса Ayrton, the Hero Revealed (в португальском варианте Ayrton, o Herói Revelado), в которой описывалась жизнь и карьера Сенны, включая неизвестные ранее подробности.

21 апреля 2004 года перед Гран-при Сан-Марино на стадионе в Имоле был проведён футбольный матч, посвящённый памяти Айртона Сенны. В этом матче соревновались сборная Бразилии, составленная из игроков — победителей чемпионата мира по футболу 1994 года, и команда, составленная из известных гонщиков Формулы-1 (Михаэль Шумахер, Фернандо Алонсо, Рубенс Баррикелло и другие). На матч было продано свыше 7000 билетов, весь доход пошёл в фонд Ayrton Senna Foundation.

В конце 2006 года по инициативе журнала F1 Racing несколько экспертов (в их число входили Макс Мосли, Жан Тодт, Кеке Росберг, Эдди Джордан и другие) вывели формулу для определения быстроты гонщика. С помощью этой формулы они определили самых быстрых пилотов Формулы-1 за всю её историю. Первое место в списке самых быстрых гонщиков занял Айртон Сенна.

Могила Айртона Сенны на кладбище Морумби стала местом паломничества. По данным Р. Филипа (2007 г.), она привлекает больше людей, чем могилы Джона Ф. Кеннеди, Мэрилин Монро и Элвиса Пресли вместе взятые. Многие гонщики посещают могилу Сенны во время проведения Гран-при Бразилии. Надпись на могиле гласит: «Теперь ничто не мешает моей любви к Богу».

Именем Сенны названы множество улиц в разных городах Бразилии, шоссе в провинции Сан-Паулу, а также два бразильских автодрома (близ городов Каруару и Лондрина), на которых проходят этапы бразильских и южноамериканских гоночных чемпионатов. Первая шикана на автодроме Интерлагос, где обычно проходит один из этапов чемпионата Формулы-1, также носит имя Сенны («S» do Senna). Также его именем названо множество поворотов и на других автодромах. Так, в Австралии на автодроме Мельбурн-Парк именем Сенны назван один из последних поворотов. А в Канаде его именем названа первая шикана. Спустя некоторое время поворот «Тамбурелло» сгладили и снесли бетонную стену, создав там глубокую гравийную ловушку. В 1996 году там был установлен памятник Айртону Сенне: на высоком подиуме он сидит, свесив ноги, в комбинезоне пилота, и смотрит свысока на трассу, которая стала для него последней.

В мае 2009 года Working Title Films начала съёмки документального фильма об Айртоне Сенне.