Рафаэль Варан родился 25 апреля 1993 года во французском городе Лилль, в области Нор-Па-де-Кале.

В возрасте 7 лет начал заниматься футболом в любительском клубе округа Лилль «Hellemmes».

В июле 2002 года, после двух лет занятий в «Hellemmes», Варан перешел в профессиональный клуб «Ланс», хотя ним интересовался и клуб из родного города Лилль.

После нескольких лет обучения в школе «Ланса», Варан начал выступать за молодежный состав клуба, в составе которого в 2009 году стал победителем Национального чемпионата (до 16 лет).

В сезоне 2010-2011 Рафаэль подписал свой первый профессиональный контракт и начал выступать за первую команду «Ланса».

6 ноября 2010 года в матче против «Монпелье» Рафаэль впервые вышел на поле. Он провел на поле весь матч и благодаря его надежной игре в центре защиты «Ланс» не пропустил ни одного гола.

До конца 2010 года Варан еще дважды выходил на поле, в матчах против «Бреста» и «Бордо». В обеих играх Рафаэль выходил на поле со стартовых минут.

В феврале 2011 года Рафаэль подписал новый контракт с «Лансом», рассчитанный до 2013 года с возможным продлением еще на два года.

8 мая 2011 года Варан забил свой первый гол за «Ланс», чем помог ему сохранить ничью 1:1 в матче против клуба «Кан». В следующей игре Варан опять спас свою команду от поражения, сравняв счет в матче против «Монако» (1:1).

21 мая 2011 года в матче за право выступать в Лиге 1 против «Арль-Авиньон», Варан вышел на поле с капитанской повязкой. Матч завершился победой «Арль-Авиньон» со счетом 1:0 и «Ланс» вылетел во вторую лигу.

22 июня 2011 года стало известно, что Рафаэлем интересуется мадридский «Реал». Футболист встречался с представителем клуба и соотечественником Зинедином Зиданом и 27 июня стало известно, что Варан подписал шестилетний контракт с королевским клубом.

Свои выступления за «Реал» Варан начал во время предсезонной подготовки клуба.

21 сентября 2011 года Варан дебютировал в «Ла-лиге» в матче против «Расинга», который окончился ничьей 0:0.

24 сентября 2011 года в матче против «Райо Вальекано» Варан забил свой первый гол за мадридцев. Рафаэль замкнул подачу Месута Озила с углового. Всего в первом сезоне за «Реал» Варан появился в 9 матчах чемпионата Испании, 4 матчах Лиги чемпионов и 2 матчах Кубка Испании.

Сезон 2012/2013 Варан начал с игры в победном для «Реала» матче Лиги чемпионов против «Манчестер Сити» (3:2). Рафаэль вышел с первых минут и провел весь матч.

30 января 2013 года Варан сыграл в первом для себя «эль-класико». «Реал» встретился с «Барселоной» в полуфинальном матче розыгрыша Кубка Испании. В первом матче, который завершился ничьей 1:1, Рафаэль вышел на поле с первых минут и отличился хорошей игрой в защите, заблокировав несколько опасных ударов Хави.

26 февраля 2013 года состоялся ответный матч, в котором «Реал» был сильнее и победил со счетом 3:1. Варан забил третий гол мадридцев, замкнув головой подачу Месута Озила с углового.

14 мая 2013 года Рафаэль Варан успешно перенес операцию на левом колене после травмы, полученной в матче чемпионата Испании против «Реала Сосьедада».

Всего за сезон 2012/2013 Варан провел за мадридцев 33 матча и забил 2 мяча.

В сезоне 2013/2014 Варан в составе «Реала» стал обладателем Кубка Испании и победителем Лиги чемпионов. В финальном матче Кубка против «Барселоны», Варан вышел на замену вместо травмированного Карима Бензема. В финальном поединке Лиги чемпионов против мадридского «Атлетико» Рафаэль провел на поле 120 минут и успешно заменил более опытного Пепе, который не успел оправиться после травмы.

Международная карьера Рафаэля Варана началась в августе 2010 года с выступлений за сборную Франции до 18 лет. В первом же матче против сборной Дании Варан отличился забитым голом.

3 февраля 2011 года Варан был вызван в молодежную сборную Франции на матч против сборной Словакии, который завершился 3:1 в пользу французов.

В составе молодежной сборной Рафаэль участвовал в отборе Чемпионата Европы 2013 года, во время которого смог отличиться тремя забитыми голами. Но чемпионат сборная Франции так и не поехала, проиграв в стыковых матчах сборной Норвегии.

15 августа 2012 года Варан впервые был вызван в состав национальной сборной Франции на товарищеский матч против сборной Уругвая. Рафаэль на поле так и не появился, а матч завершился со счетом 0:0.

22 марта 2013 года состоялся дебют Варана в сборной Франции, в матче против сборной Грузии в рамках отбора на Чемпионат мира 2014, который окончился со счетом 3:1. Рафаэль провел на поле все 90 минут и отличился надежной игрой в центре защиты.

Благодаря хорошей игре в центре защиты и умении забивать голы главный тренер сборной Франции Дидье Дешам включил Варана в заявку на Чемпионат мира 2014.