С 1986 по 1989 год Эль Макферсон была замужем за фотографом Жилем Бенсимоном.

С 1996 по 2005 год Эль жила гражданским браком с финансистом Арпадом Буссоном. У пары родилось двое сыновей - Арпад Флинн Александр (родился 14 февраля 1998 года) и Аурелиус Сай Андреа (4 февраля 2003).

В июле 2013 года модель вышла замуж за бизнесмена Джеффри Соффера, с которым она встречалась 4 года до их свадьбы.