В 1997 году Бижу Филлипс встречалась с американским музыкантом Элайджа Блу Оллмэном.

С 2000 по 2003 года у Бижу были отношения с музыкантом и композитором Шоном Ленноном, сыном Джона Леннона и Йоко Оно.

В 2004 году Бижу Филлипс начала встречаться с американским актером кино и телевидения Дэнни Мастерсоном.

В 2009 году пара объявила о своей помолвке, а 18 октября 2011 года Бижу и Дэнни поженились.

14 февраля 2014 года у пары родилась дочь Фианна Фрэнис.