В возрасте 18 лет София Вергара вышла замуж за друга детства, в 1992 году у них родился сын Маноло Гонсалес-Риполл Вергара, однако вскоре после этого пара развелась.

В дальнейшем Вергара встречалась со многими знаменитостями, в том числе с Луисом Мигелем и Энрико Иглесиасом, а также Доналом Логом.

В 2010 году София начала встречаться с бизнесменом Ником Лоебом.

10 июля 2012 года пара объявила о своей помолвке, однако до свадьбы дело не дошло и весной 2014 года пара рассталась.

В июне 2014 года стало известно, что София начала встречаться с актером Джо Манганьелло.

По сообщениям источника из близкого окружения, с конца декабря 2014 года София и Джо помолвлены.