С 1999 года Хавьер Санетти женат на Пауле Де ла Фуэнте, с которой он познакомился в 1992 году во время выступления за свой первый в карьере клуб «Тальерес». Пара воспитывает троих детей – дочь Сол (родилась в 2005 году), и сыновей Игнасио (родился в 2008 году) и Томаса (родился 9 мая 2012 года).