Хавьер Адельмар Санетти родился 10 августа 1973 года в Буэнос-Айресе, в семье каменщика и домохозяйки. У Хавьера есть старший брат Серхио, бывший профессиональный футболист.

С раннего детства Хавьер начал увлекаться футболом, но мог играть в него лишь в свободное время, так как много помогал отцу в его нелегком деле.

В возрасте 10 лет Хавьер начал заниматься в футбольной школе «Индепендьенте», которую он покинул через семь лет, так как клуб не захотел подписывать с ним профессиональный контракт.

В 1992 году Санетти подписал свой первый профессиональный контракт с клубом из второго дивизиона «Тальерес». Сначала игрок проводил матчи в молодежном составе команды, и лишь в середине сезона попал в основной состав.

В конце сезона 1992/1993 годов Хавьер перешел в футбольный клуб «Банфилд», который стал чемпионом второго дивизиона и готовился к старту в высшем.

Проведя два года в стане «бело-зелёных» Хавьер стал одним из любимчиков публики, а клуб сумел достичь 4-го места в чемпионате.

В конце 1994 года Хавьер впервые вышел на поле в футболке национальной сборной Аргентины, в матче против сборной Чили. До лета 1995 года Хавьер еще 15 раз играл за сборную, и даже смог отличится забитым голом в одном из матчей.

Тем же летом 1995 года Хавьер Санетти стал игроком миланского «Интернационале», в основном составе которого сразу же укрепился.

За первые два сезона, проведенных в «Интере», Санетти сумел стать одним из лидеров команды, но завоевать какой-либо трофей вместе с клубом никак не удавалось. Пока в начале сезона 1997/1998 пост главного тренера не занял Джиджи Симони, а клуб не приобрел таких игроков как Роналдо, Альваро Рекоба и Диего Симеоне, что существенно усилили «черно-синих».

Этот сезон стал намного удачнее для Санетти и его клуба, «Интер» стал вторым в «Серии А», а также стал обладателем Кубка УЕФА.

Сезон 1998/1999 годов стал знаковым для Хавьера, он принял капитанскую повязку из рук легендарного Джузеппе Бергоми, завершившего в том сезоне карьеру игрока.

Впервые стать победителем «Серии А» Хавьеру Санетти удалось в 2005 году, когда у руля команды стал Роберто Манчини. В том же сезоне «Интернационале» достались медали Кубка страны.

В сезоне 2009/2010 Санетти, под руководством португальца Жозе Моуринью, стал обладателем золотого триплета - Скудетто, Кубок Италии и Лига чемпионов. Победный финальный матч Лиги чемпионов против «Баварии» стал для Хавьера 500-й в его выступлениях за «Интер».

В сезоне 2011/2012 в матче «Серии А» против «Удинезе» Хавьер впервые за время выступления в чемпионате Италии был удален с поля.

В том же сезоне Хавьер Санетти был удостоен премии «За отличную репутацию в футболе» от «Серии А», что вручают игрокам, которые благородно проявляли себя как на поле, так и за его пределами.

Весной 2013 года Хавьер получил повреждение ахиллово сухожилия, которое оставило его без футбола на восемь месяцев.

Летом того же года начали ходить слухи, что Хавьер может окончить карьеру игрока, но сам игрок опроверг их, продолжив контракт с «Интером» еще на один год.

В ноябре 2013 года Санетти удалось полностью оправиться после травмы, тогда он впервые вышел на поле после длительного перерыва. Тогда же стало известно, что Хавьер завершит карьеру по окончанию сезона.

10 мая 2014 года Хавьер Санетти провел последний матч в футболке «нерадзурри» и своей игровой карьере. В матче против «Лацио» Хавьер вышел на последние 30 минут матча с уникальной капитанской повязкой, на которой были нанесены фамилии всех игроков «Интера», с которыми Санетти выходил когда-либо на поле.

Спустя несколько дней владелец «Интера» Эрик Тохир объявил о том, что по окончании сезона Cанетти войдет в состав менеджмента клуба.