Майкл Эмерсон родился 7 сентября 1954 года в городе Сидар-Рапидс, штат Айова, в семье Кэрол и Рональда Эмерсон. Майкл вырос в соседнем городе Толедо, штат Айова, где учился в средней школе South Tama County High School.

В 1976 году окончив Университета Дрейка в Де-Мойн, штат Айова, по специальности театр и искусство, он переехал в Нью-Йорк. Эмерсону сначала не удалось найти актерской работы, и он устроился внештатным иллюстратором.

В 1986 году он переехал в Джексонвилл, штат Флорида. Там с 1986 по 1993 года он играл в местных постановках театра Джексонвилля и труппы «The Players by the Sea», а также работал в качестве режиссера и педагога в Flagler College.

В 1993 году Майкл Эмерсон решил продолжить свое образование в Университете Алабамы. В 1995 году по окончании программы он вернулся в Нью -Йорк, где принял участие в ежегодном показательном выступлении Alabama Shakespeare Festival.

Свою первую главную роль Эмерсон получил в 1997 году в качестве Оскара Уайльда в внебродвейской постановке Мойзеса Кауфмана «Gross Indecency: The Trials of Oscar Wilde», а позже последовало еще несколько других известных спектаклей.

В 1998 году он сыграл вместе с Умой Турман в внебродвейском спектакле «Le Misanthrope». В 1999 году Майкл сыграл роль Вилли Обан в «The Iceman Cometh» с Кевином Спейси.

В сентябре 2001 Эмерсон получил премию Эмми в номинации «Специально приглашённый актёр» за роль серийного убийцы Уильяма Хинкса в сериале «Практика».

В 2006 году Эмерсона пригласили сыграть роль Бенджамина Лайнуса в сериале «Остаться в живых». Первоначально роль Эмерсона была эпизодической, но на 3 сезон он вошел в основной актерский состав и в конечном итоге стал главным антагонистом проекта.

В 2007 году Майкл был номинирован на Эмми в номинации «Лучший актер второго плана» за свою работу в третьем сезоне, а в 2008 году снова номинирован за роль в четвертом сезоне. Но награду получил лишь в 2009 году, после номинации за исполнения роли Лайнуса в пятом сезоне. В 2009 году Эмерсон был номинирован на Золотой Глобус в номинации «Лучший актерская роль второго плана».

С сентября 2011 года и по настоящее время Майкл Эмерсон играет в сериале «В поле зрения».

В 2012 и 2013 годах на экраны вышел мультфильм в двух частях «Бэтмен: Возвращение Тёмного рыцаря», в котором Майкл озвучил персонажа Джокера.