Иэн Маккеллен открытый гей, об этом он впервые публично заявил в 1988 году.

Его первые серьёзные отношения начались в 1964 году с учителем истории из Болтона Брайаном Тейлором. Эти отношения продолжались в течение восьми лет и закончились в 1972 году.

В 1978 году он познакомился со своим вторым партнёром, Шоном Матиасом, на Эдинбургском фестивале. Их отношения продлились до 1988 года.

Иэн Маккеллен является активистом британского движения за права сексуальных и гендерных меньшинств.