Со своей супругой Ребеккой Ригг (австралийской актрисою) Саймон Бейкер познакомился в 1991 году, на свиданиях вслепую. Спустя 7 лет они поженились.

Сначала семья Бейкера проживала в Малибу (Калифорния), затем переехали в Сидней.

У Саймона и Ребеккой есть трое детей: Стелла Бриз (родилась 1993 года), Клод Блю (родился 1999 года) и Гарри Фрайдэй (родился 2001 года).

Актриса Николь Кидман является крестной мамой младшего сына - Гарри, а Наоми Уоттс - Клода.

В 2005 году, после того как Бейкер получил роль в телевизионном сериале «Воры Экстра класса», его семья переехала в Лос-Анджелес.

В январе 2009 года в интервью журнала Parade Бейкер вместе с супругой объявил, что заинтересован в американском гражданстве. В 2010 году Бейкеры получили двойное гражданство (австралийское и американское).

Саймон и его сыновья являются поклонниками регбийного клуба "Parramatta Eels" в австралийской Национальной Лиге Регби (NRL).