В 1989 году Авдотья вышла замуж за искусствоведа Аркадия Ипполитова. В 1990 году у них родился сын Данила.
В 1996 году Дуня и Аркадий расстались.
Еще в начале 1990 годов Авдотья познакомилась с политиком Анатолием Чубайсом. В 2012 году Смирнова и Чубайс поженились.