Марк Алан Руффало родился 22 ноября 1967 года в Кеноша, США. Фрэнк, отец Марка, был художником, а мать Мари Роуз работала парикмахером. Кроме Марка в семье было еще трое детей, дочери Таня и Николь, а также сын Скотт, который погиб в 2008 году.

Учился в школе «First Colonial High School» в городе Верджиния-Бич. После того, как Марк окончил школу, вся семья переехала сначала в Сан-Диего, а затем в Лос-Анджелес. В «городе Ангелов» Марк учился в Консерватории Стеллы Адлер.

Во время учебы Марк снялся в нескольких фильмах, а также сыграл несколько неплохих ролей на театральной сцене.

Первой серьезной работой Марка на телевидении стал фильм «Последняя большая штука», который вышел в 1996 году. Затем он снялся в таких фильмах как «На второй день рождества» (1997), «Медвежатники» (1998), «Рыба в ванне» (1999) и многих других.

Большую известность Марк получил после роли в фильме «Можешь рассчитывать на меня» (2000), за которую он был награжден премией Монреальского кинофестиваля.

Затем Марк получил роли в таких фильмах как «Последний замок» (2001), «Логика измены» (2002), «Вид сверху лучше» (2003), «Вечное сияние чистого разума» (2004) и «Между небом и землей» (2005). На съемочных площадках этих фильмов Марк познакомился с такими актерами как Гвинет Пэлтроу, Кристина Эпплгейт, Джим Керри, Кейт Уинслет, Элайджа Вуд, Риз Уизерспун и многими другими.

В 2006 году Марк сыграл роль Адама Стентона в фильме «Вся королевская рать», который был снят по мотивам романа Роберта Пенна Уоренна. В фильме также снялись актеры Шон Пенн, Джуд Лоу, Энтони Хопкинс и Кейт Уинслет.

В 2007 году Руффало получил роли в таких фильмах как «Зодиак» и «Запретная дорога», а в 2008 году – в фильмах «Слепота», «Братья Блум» и «Что тебя не убивает».

В 2009 году на большие экраны вышел психологический триллер Мартина Скорсезе «Остров проклятых», в котором Марк снялся вместе с Леонардо ДиКаприо.

В 2010 году вышло три фильма с участием Марка, это «Сочувствие к вкусному», «Детки в порядке» и «Безумное свидание». За роль в фильме «Детки в порядке» Марк был номинирован на премию «Оскар» в номинации «Лучшая мужская роль второго плана».

В 2012 году Марк Руффало сыграл Халка в фильме «Мстители», а также сыграл главную роль в фильме «Спасибо за обмен».

В 2013 году актер появился в главных ролях в таких картинах как Иллюзия обмана и Хоть раз в жизни, а в 2014 году исполнил роль Дейва Шульца в биографической драме «Охотник на лис», где также снялись Стив Карелл и Ченнинг Татум.

В том же 2014 году Марку достались главные роли в фильмах «Бесконечно белый медведь» и «Обыкновенное сердце», а также он закончил сниматься в фильмах «Мстители: Эра Альтрона» (2015) и «В центре внимания» (2015).