Томаш Нецид родился 13 августа 1989 года в Праге (Чехия).

За «Славию» дебютировал в сентябре 2006 года, в возрасте 17 лет. Через месяц после дебюта забил свой первый гол. В 2008 сыграл свой первый матч в Лиге чемпионов. В этом же году стал чемпионом Чехии.

В 2008 году на правах аренды перешёл в клуб «Яблонец 97». За клуб провёл 13 матчей, забил 5 голов.

После возвращения из аренды в первом же матче забил гол. Всего в 2008 году за «Славию» Томаш провёл 16 матчей, в которых забил 11 голов.

В августе 2008 года ЦСКА купил у пражской «Славии» 19-летнего нападающего молодёжной сборной Чехии Томаша Нецида. Поскольку трансферное окно уже было закрыто, клубы достигли договорённости о том, что футболист до конца 2008 года продолжит выступать за свой прежний клуб, а в январе 2009 года присоединится к ЦСКА.

За ЦСКА молодой нападающий дебютировал 7 марта 2009 года в матче за Суперкубок России против казанского «Рубина», выйдя на замену во втором тайме. При счете 1:1, на 113 минуте игры, забил победный гол.

22 апреля в матче 1/4 финала Кубка России-2009 забил гол в ворота московского «Локомотива». Матч закончился со счетом 1:0 в пользу армейцев и позволил пройти в следующий раунд турнира.

Первый гол в чемпионате России забил 10 мая 2009 года в ворота московского «Динамо».

В матче 13-го тура чемпионата России по футболу-2009 в выездном матче с грозненским «Тереком» забил единственный гол армейцев в этом матче. Игра закончилась ничьей 1:1.

В 17-м туре ЦСКА встречался с пермским «Амкаром». В этом матче Нецид заменил на 85-й минуте опорного полузащитника Павла Мамаева и на 90-й минуте встречи после скидки Красича забил гол, принеся армейцам важную победу. Матч закончился со счетом 1:0 в пользу ЦСКА.

Всё более успешная игра молодого форварда вкупе со снижением формы основного нападающего армейцев — Вагнера Лава привела к тому, что в 19-м туре чешский нападающий вышел в стартовом составе армейцев (на 71-й минуте был заменён Вагнером). До этого Нецид обычно заменял бразильца или выступал в качестве усиления нападения. В матче этого тура московский ЦСКА принимал на своём поле «Химки». На 14-й минуте Томаш Нецид открыл счёт точным ударом после передачи Марка Гонсалеса. Матч закончился победой армейцев со счётом 2:1.

После перехода Вагнера Лава в «Палмейрас» в августе 2009 года, Томаш Нецид получил место в стартовом составе. В матче 21-го тура ЧР-2009 против «Крыльев Советов» Томаш на 57-й минуте открыл счет, положив начало разгрому гостей. Матч закончился со счетом 3:0 в пользу ЦСКА.

В матче 26-го тура против «Москвы» Томаш Нецид забил единственный гол ЦСКА в этом матче — на 84-й минуте, после навеса Милоша Красича с правого фланга. Матч был проигран армейцами со счётом 1:3.

В следующем туре чемпионата, в матче с грозненским «Тереком» Томаш забил гол после розыгрыша углового уже на 3-й минуте встречи. Этот гол оказался единственным в этом матче и принес армейцам победу со счётом 1:0, которая сохранила шансы ЦСКА на борьбу за медали.

21 ноября 2009 года в матче 29-го тура ЧР-2009 состоялось московское дерби «Спартак» — ЦСКА. На 6-й минуте был назначен пенальти в ворота ЦСКА, который реализовал Алекс — 1:0. В конце первого тайма Дзагоев сравнял счёт — 1:1. В начале второго тайма гол Нецида вывел армейцев вперёд — 1:2; в середине второго тайма счёт сравнял Веллитон. На предпоследней минуте матча свой второй гол после ошибки голкипера «красно-белых» Джанаева забил Нецид, принеся армейцам важнейшую победу — 2:3. В этом дерби Томаш Нецид оформил свой первый дубль за ЦСКА, забив свои 10-й и 11-й голы за ЦСКА в сезоне-2009.

В 13 матчах премьер-лиги, которые Томаш Нецид начал в основном составе, чех забил семь голов.

Всего в своем дебютном сезоне 2009 Томаш Нецид забил за ЦСКА 12 голов — 1 гол в матче за Суперкубок России-2009, 1 гол в Кубке России (1/4 финала против московского Динамо), 9 голов в чемпионате и 1 гол матче группового этапа Лиги Чемпионов 2009/2010 (в ворота немецкого «Вольфсбурга»).

В сезоне 2010 дебютировал 4 февраля на турнире «Copa del Sol», проходившем в Швейцарии, в матче против шведского «Эльфсборга», который армейцы выиграли со счётом 3:2. В первый раз вписать своё имя в протокол на этом турнире у него получилось 6 февраля в матче с норвежским «Русенборгом», отметившись при этом дублем и блистательной голевой передачей пяткой Милошу Красичу, в матче с Оденсе Нецид отметился ещё одним голом, став таким образом лучшим бомбардиром турнира.

Томаш Нецид открыл свой счет голам в официальных турнирах нового сезона 16 марта 2010 года, голом в ворота «Севильи» в ответном матче 1/8 финала Лиги Чемпионов 2009/2010, проходившем в Испании. Матч закончился победой ЦСКА со счетом 1:2 что позволило московскому клубу впервые в своей истории выйти в четвертьфинал самого престижного клубного турнира Европы.

Свой первый гол в чемпионате России — 2010 Томаш забил в матче 3-го тура «Анжи» — ЦСКА. Гол, забитый на 62-й минуте, оказался победным для армейцев. Матч закончился со счетом 1:2

7 тур чемпионата России по футболу — 2010, Сибирь 1:4 ЦСКА. В этом матче Томаш Нецид, выйдя в стартовом составе, забил гол и отдал голевую передачу на Алана Дзагоева.

14 тур чемпионата России по футболу — 2010. ЦСКА 1:2 Спартак Нальчик. Нецид забил гол в добавленное к первому тайму время.

В летнее трансферное окно 2010 года в ЦСКА вернулся Вагнер Лав, состав команды пополнил также новичок армейского клуба нападающий Сейду Думбия. В связи с этим резко возрос уровень конкуренции в линии нападения, и во второй половине сезона Томаш стал реже появляться в стартовом составе, чаще выходя на замену, тем не менее, Нецид продолжал забивать голы, уже выходя с замен — так, выйдя на замену в выездном матче 22-го тура «Томь» — ЦСКА на 89-й минуте, успел забить гол через четыре минуты, оформив тем самым разгром томской команды со счетом 0:3. В Лиге Европы, в выездном матче против «Палермо», Томаш Нецид вышел на замену на 60-й минуте и забил третий гол в ворота итальянского клуба, также доведя счет до разгромного 0:3.

В 26-м туре ЧР-2010, в выездном матче против «Сатурна», Томаш Нецид открыл счет на 39-й минуте встречи; матч закончился ничьей 1:1.

В матче ЦСКА — домашней встрече с «Палермо» в рамках Лиги Европы, Томаш Нецид забил два гола, принеся победу со счетом 3:1. После этой победы ЦСКА досрочно оформил выход в плей-офф Лиги Европы 2010/2011. Мячи, проведенные в ворота «Палермо» стали для Нецида 20-м и 21-м голами в официальных матчах за ЦСКА соответственно.

В 27-м туре ЦСКА играл против самарских «Крыльев Советов», Нецид вновь забил два гола, принесшие армейцам тяжелую победу со счетом 4:3.

2 декабря в матче Лиги Европы ЦСКА — «Лозанна» Нецид вновь забил два гола, армейский клуб одержал победу со счетом 5:1

Всего в сезоне 2010 Томаш Нецид забил 13 голов за ЦСКА — 1 в Лиге Чемпионов в ворота «Севильи» и, 5 голов в Лиге Европы и 7 голов в Чемпионате России Новый сезон Нецид начинал в роли третьего нападающего ЦСКА, после Вагнера Лава и Думбии. Однако это не помешало ему открыть счетам голам уже в первом официальном матче сезона — в рамках 1/16 Лиги Европы в выездном матче против греческого ПАОКа. ЦСКА одержал победу со счетом 0:1, единственным голом в игре отметился Нецид.

В чемпионате России сезона 2011/2012 свой первый гол Нецид забил в 3-м туре, в матче против «Краснодара». Матч завершился ничьей 1:1

В полуфинале Кубка России 2010/2011 в напряженном и драматичном поединке против московского «Спартака» Нецид открыл счет в матче на 42-й минуте, замкнув верховую передачу Зорана Тошича. Основное и дополнительное время матча завершилось боевой ничьей 3:3, а в серии послематчевых пенальти вверх взяли армейцы (4:5 по пенальти), Нецид реализовал первый удар ЦСКА в этой серии.

9 тур Чемпионата России 2011/2012, матч ЦСКА — «Ростов»: Нецид открывает счет после комбинации с Дзагоевым. Матч завершается победой ЦСКА со счетом 2:1

В 11-м туре Чемпионата России 2011/2012, в матче ЦСКА — «Кубань» Томаш Нецид забил один самых быстрых голов в истории РПЛ после выхода на замену: выйдя на поле на 66-й минуте при счете 0:0, уже на 67 минуте открыл счет. Для этого Нециду понадобилось всего два касания. Этот гол стал для Томаша 30-м за ЦСКА во всех турнирах, причем все голы были забиты с игры.

11 июня 2011 года Нецид получил повреждение передней крестообразной связки правого колена, мениска и боковой связки и выбыл из строя на полгода. В январе 2012 года Томаш полностью оправился от травмы.

Впервые после травмы Нецид вышел на поле в матче Лиге чемпионов против мадридского «Реала».

Проигранный в марте матч с «Локомотивом» стал для чеха сотым матчем за ЦСКА во всех турнирах.