Разведен. Дочь Дарья (родилась 7 сентября 2005 года).

Первым автомобилем Кержакова был ВАЗ-2106 — на нём футболист учился водить. В 2006 году был угнан принадлежавший Кержакову BMW X5, который милиция нашла спустя примерно три года, но только летом 2011 года Александру передали, что машина ждёт его в Черкесске, причём к этому времени автомобиль был не пригоден для езды и восстановлению не поддавался. Такую задержку Кержакову объяснили в милиции тем, что всё это время не могли с ним связаться. Сейчас он, как и другие игроки «Зенита», ездит на спонсорском Audi Q7. Однажды Александр прошёл тест-драйв на автомобиле марки Lotus для телепередачи.

Болен хроническим тонзиллитом, из-за чего неоднократно переносил ангину.

Из музыки предпочитает русский рок. Своей любимой рок-группой Кержаков называет «Ленинград» Сергея Шнурова.

В конце 2002 года в Санкт-Петербурге была издана автобиографическая книга Александра Кержакова под названием «До 16 и старше».

В 2005 году Кержаков занялся ресторанным бизнесом и открыл два кафе русской кухни под одним названием «Лукоморье» на Петроградской стороне и у метро «Чёрная Речка». Уезжая в «Севилью», футболист передал их родителям и партнерам по бизнесу.

В 2006 году окончил тренерский факультет университета имени Лесгафта.

В 2010 году Кержаков поступил в Санкт-Петербургский государственный инженерно-экономический университет (ИНЖЭКОН).

25 декабря 2010 года принял участие в юмористической передаче «Прожекторперисхилтон». В 2010 году снялся в роли самого себя в фильме «Выкрутасы».

6 февраля 2012 года был официально зарегистрирован как доверенное лицо кандидата в Президенты РФ и действующего премьер-министра Владимира Путина.