Эмилия Кларк родилась 1 мая 1987 года в Лондоне, в семье звукорежиссера в театре и бизнес-леди. Кроме нее, в семье вырос также старший сын.

Детство Эмилии прошло в Беркшире, где она уже в возрасте трех лет решила стать актрисой. Юная Эмилия посмотрела мюзикл «Show Boat», и захотела в будущем также радовать зрителей с экранов.

Училась Эмилия в школе Святого Энтони и школе Святого Эдуарда в Оксфорде. После окончания школы она отправилась получать театральное образование в Драма центр Лондона, где за время учебы сыграла в нескольких спектаклях, таких как «Пигмалион» Бернарда Шоу, «Эмилия Галотти» Готхольда Эфраима Лессинга , «Сон в летнюю ночь» Уильяма Шекспира, «Ревизор» Николая Гоголя и прочих.

В 2009 году она впервые появилась на телевидении, исполнив роль Саскии Майер в одном из эпизодов сериала «Врачи».

В 2010 году Эмилия получила свою первую заметную роль на телеэкранах, она появилась в роли Саванны в фильме ужасов «Атака из Триасового периода». В том же году она была утверждена на роль Дейнерис Таргариен в телесериал «Игра престолов», благодаря которой ее имя стало известным на весь мир.

В 2012 году актриса дебютировала на большом экране, сыграв второстепенную роль в музыкальной драме «Спайк Айленд».

В 2013 году Кларк сыграла роль Эвелин в кинофильме «Дом Хемингуэй», главную роль в котором исполнил Джуд Лоу.

Также в 2013 году у нее произошел разрыв аневризмы сосудов головного мозга, после чего она проходила курс лечения в нью-йоркском медицинском центре Presbyterian/Weill Cornell.

В декабре 2013 года стало известно, что Эмилия сыграет роль Сары Конор в фильме «Терминатор: Генезис», выход которого на экраны состоялся в июне 2015 года. В картине также снялись Арнольд Шварценеггер и Джейсон Кларк.

В том же 2015 году Эмилия Кларк приступила к съемкам в главной роли в драме «До встречи с тобой», премьера которой назначена на март 2016 года.