Аарон Перри Джонсон родился 13 июня 1990 года в Хай-Уиком, Бакингемшир, Великобритания. Сын домохозяйки и инженера-строителя. С 1996 года по 2008 год Аарон посещал школу Jackie Palmer Stage School в Хай-Уикоме, где и обучался драме, джазу, акробатике и пению.

Дебют Джонсона в кино состоялся, когда ему было шесть лет, но главную роль он получил лишь в 2006 году в картине «Лорд-Вор» вместе с Руфусом Сьюэллом и в Артуром Миллером. Его роли на телевидении включают в себя мини-телесериал «Мальчик в перьях», «Поговори со мной», «Почти знаменитые» и др..

В 2003 году Джонсон снялся в роли молодого Чарли Чаплина в фильме «Шанхайские рыцари» с Джеки Чаном и Оуэном Уилсоном.

В 2006 году Аарон сыграл юного Эйзенхайма в картине «Иллюзионист».

В 2009 году Джонсон исполнил роль Джона Леннона в биографическом фильме «Стать Джоном Ленноном», режиссером которого является Сэм Тейлор-Вуд. За свою работу в этой картине он получил премию Empire в номинации «Лучший дебют».

В 2010 году Аарон Джонсон снялся в главной роли Дэвида «Дэйва» Лизевски / Пипец (Мордобой) в комедийном боевике «Пипец», который основанный на одноименных комиксах Марка Миллара.

В декабре 2010 года Джонсон присоединился к актерскому составу фильма «Таинственный Альберт Ноббс» заменив Орландо Блума, который покинул съемочный процесс из-за беременности жены.

В 2011 голу Аарон снялся в видеоклипе группы R.E.M. на песню «Überlin», которая посвященная его тогдашней невесте.

В 2012 году Джонсон играл графа Вронского в кинофильме английского режиссёра Джо Райта «Анна Каренина» с Кирой Найтли и Джудом Лоу. В том же году он снялся в картине Оливера Стоуна «Особо опасны».

В мае 2014 года с участием Джонсона вышел перезапуск знаменитой японской франшизы «Годзилла». Также известно, что Джонсон будет играть Пьетро Максимоффа / Ртуть в художественном фильме «Мстители: Эра Альтрона» премьера, которого назначена на 1 мая 2015 года.

9 мая 2014 года подтвердилась информация, что он снимается в фильме «Пятьдесят оттенков серого».