В 2005 году Софи Эллис-Бекстор вышла замуж за гитариста Ричарда Джонса. В апреле 2004 года у них родился сын Сонни, а 7 февраля 2009 года еще один сын Кит Джонс.

20 октября 2011 года на своей страничке в Twitter Софи сообщила, что она ждёт третьего ребёнка.

25 апреля 2012 года Софи родила третьего сына, которого назвали Рэй Холидей Джонс.

Выступает за права животных, сотрудничая с известной своими скандальными выходками организацией PETA (Люди за этичное обращение с животными). Участвует в различных мероприятиях «зеленых».

В середине мая 2015 года на своей страничке в Twitter Софи сообщила, что она ждёт четвертого ребёнка. Малыш должен появиться на свет осенью этого же года.