Личная жизнь музыканта и актера такая же разноплановая, как и сальса, которой он посвятил свою жизнь. Марк был в близких отношениях с Дэбби Росадо, служившей офицером в нью-йоркской полиции. У пары в 1994 году родилась дочь Арианна.

В конце весны 2000 года Энтони стал мужем известной модели Дайнары Торрес, которой в свое время был присужден титул Мисс Вселенная. В семье звездной пары родились два сына. В 2004 году Марк и Дайнара развелись, а уже по прошествии каких-то семи дней (5 июня 2004 года) Марк женился снова. Новой избранницей именитого музыканта стала Дженнифер Лопес. Несмотря на свои заслуженные титулы и статус, пара предпочла тихую, без помпезностей свадьбу. Даже гости, которых музыканты пригласили на свое торжество, до последнего момента не знали, что они идут на свадьбу. Семейная пара тщательно оберегает свою личную жизнь от вмешательства посторонних. В феврале 2008 года Дженнифер осчастливила Марка, родив двойню – сына Макса и дочь Эмму.

15 июля 2011 года стало известно, что в отношениях пары не все было гладко. В журнале People Марк и Дженнифер выступили с официальным заявлением о разводе, что для многих стало шоком.