Джеффри Дин Морган родился 22 апреля 1966 года в Сиэтле (штат Вашингтон). Ходил в начальную школу имени Франклина, среднюю Роуз Хилл (англ. Rose Hill Junior High).

В 1984 году Морган закончил старшие классы школы Лейк Вашингтон (англ. Lake Washington High School). Джеффри хотел стать профессиональным баскетболистом, но травма заставила оставить спорт. Некоторое время он занимался рисованием и писательством, но после переезда в Лос-Анджелес Морган попал в киноиндустрию.

Первые роли Моргана были в сериалах («Uncaged Campaigns», «Уокер, техасский рэйнджер», «Скорая помощь»). Снимался в популярных телесериалах «Анатомия страсти» и «Сверхъестественное».

Известно, что в молодости Морган был женат (по данным журнала «Playgirl» за 1997 год), но об этом браке практически ничего не известно.

С декабря 2006 году в средствах массовой информации обсуждаются роман и размолвки Джеффри Дина Моргана и актрисы Мэри-Луиз Паркер.

Джеффри Дина Моргана часто путают (за внешнее сходство) с актёрами Хавьером Бардемом и Робертом Дауни-младшим, хотя Морган ростом несколько выше (гораздо выше Роберта, и на дюйм выше Бардема).