Джеймс МакЭвой встречался с шотландской актрисой Эммой Нельсон; они начали встречаться, когда Эмме было 16 и разорвали отношения в 2002 году.

В октябре 2004 года Джеймс начал встречаться с актрисой Энн-Мэри Дафф, которая старше него на 9 лет.

18 октября 2006 года Джеймс и Энн поженились.

5 июня 2010 года у пары родился сын Брэндан.