18 июня 2005 женился на Марии Ермак, изучающей социологию в Петербургском университете. 15 июня 2006 года у Евгения Плющенко и Марии Ермак родился сын Егор. В феврале 2008 года пара официально рассталась.

12 сентября 2009 года зарегистрировал брак с продюсером Димы Билана Яной Рудковской. В июле 2012 года Евгений и Яна объявили, что ждут ребенка. 6 декабря 2013 года Яна Рудковская родила сына Александра.