В 2008—2010 года Лейтон встречалась с актёром Себастианом Стэном.

В январе 2013 года Лейтон начала встречаться с актером Адамом Броди. В ноябре 2013 года пара обручилась.

В конце июля 2011 года стало известно, что Лейтон подала иск в суд на свою мать Констанцию Мистер. Лейтон каждый месяц выплачивала безработной матери по 7,500$ на обеспечение и лечение её младшего больного брата Лекса Мистера, а Констанция, со слов Лейтон, тратила деньги исключительно на собственные нужды.

В середине мая 2015 года стало известно о том, что Лейтон и Адам ждут появления на свет их первенца. Малыш должен родиться летом 2015 года.

4 августа 2015 года Лейтон Мистер родила дочь. Новорожденную назвали Арло Дэй.