Имя Юрия Кондратюка золотыми буквами написано в зале славы Космического музея НАСА в США (Аламатордо). Его именем в мировой науке назван путь, который впервые привел человека на Луну, и кратер на обратной стороне этого спутника Земли.

В Полтаве создан музей авиации и космонавтики им. Ю. Кондратюка (сначала хотели создать музей Кондратюка). Возле музея установлен памятный знак в честь выдающегося ученого. Его имя носит Полтавский технический национальный университет и одна из улиц города.