Мария Шукшина родилась 27 мая 1967 года в Москве в семье сценариста, режиссёра, актёра и писателя Василия Шукшина и актрисы Лидии Федосеевой-Шукшиной. Младшая родная сестра, бывшая актриса Ольга Васильевна Шукшина, родилась 29 июля 1968, работает в церкви, старшая сестра (родная только по матери), Анастасия Вячеславовна Воронина-Франсишку, родилась в 1965 году.

Уже в возрасте полутора лет Маша снималась в новелле «Братка» (киноальманаха «Странные люди», 1969), в 1972 году (вместе с сестрой Ольгой) — в ролях дочерей Расторгуевых в фильме «Печки-лавочки», а два года спустя сыграла роль Маши (дочери Вишнякова) в фильме «Птицы над городом» (реж. С. Никоненко, 1974).

Закончила факультет переводчиков Института иностранных языков им. Мориса Тореза.

Телеведущая проекта «Жди меня» на «Первом канале». Также является одним из членов жюри в шоу Минута Славы.

У Марии Шукшиной четверо детей: от первого мужа Артёма Трегубенко дочь Аня (1989 г.р.) учится на продюсерском факультете ВГИКа, от второго мужа бизнесмена Алексея Касаткина сын Макар (1998 г.р.), и близнецы Фома и Фока (31 июля 2005 года) от третьего мужа, юриста и бизнесмена Бориса Вишнякова.