Актёру приписывают романы с партнёршами по съёмочной площадке Натали Портман и Сиенной Миллер.

В 2008 году, на съёмках картины «Телепорт», Хейден Кристенсен познакомился с актрисой Рейчел Билсон, с которой встречался два года.

В августе 2010 года пара официально объявила о том, что расстаётся и запланированной помолвки и свадьбы не будет. Но, спустя несколько месяцев они вновь сошлись.

29 октября 2014 года у Хейдена и Рейчел родилась дочь Брайар Роуз.