Сексуальная ориентация Вейра давно была предметом обсуждения СМИ, в своих мемуарах «Добро пожаловать в мой мир», которые были опубликованы в январе 2011 года, Вейр официально заявил, что он гей.

В декабре 2011 года Вейр женился на юристе Викторе Воронове. Церемония состоялась в канун Нового года, в Нью-Йорке. Пара взяла двойную фамилию Вейр-Воронов.

В феврале 2014 года Вейр подал на развод, но спустя два месяца стало известно, что пара помирилась.

Джонни Вейр считает себя русофилом. Он сам научился говорить и читать по-русски, также он владеет французским и японским языками. Джонни коллекционирует Чебурашек.