В 2006 году ходили слухи об отношениях Мэгги с актером Иэном Сомерхолдером, с которым они вместе снимались в сериале «Остаться в живых».

В 2008 и 2009 она пару раз встречалась с Блейком Микоски, основателем компании по производству обуви TOMS Shoes.

18 февраля 2015 года в своем аккаунте в Инстаграм Мэгги объявила о помолвке со своим бойфрендом Мэттью Куком.

Воспитывает кота по кличке Ру, которого нашла вместе с Сомерхолдером в джунглях во время съемок «Остаться в живых». Мэгги много читает и подумывает о том, чтобы самой когда-нибудь заняться писательством.