Жоау Филипе Ириа Сантуш Моутинью родился 8 сентября 1986 года в португальском городе Портиман.

До 13 лет Жоау занимался в футбольной школе клуба из его родного города «Портимоненсе», где его обнаружили скауты лиссабонского «Спортинга».

В 1999 году Моутинью начал выступать за молодежную команду «Спортинга», с которой в сезоне 2003/2004 стал чемпионом Португалии.

Зимой 2004 года, во время предсезонной подготовки, Жоау тренировался с первой командой «Спортинга», однако выступить в официальных матчах ему не дали возможности.

Дебют Жоау за главную команду лиссабонского клуба состоялся в начале 2005 года, в матче розыгрыша Кубка Португалии против клуба «Пампилхоса». Моутинью вышел на последние 20 минут матча и показал прекрасную игру.

23 января 2005 года Жоау сыграл свой первый матч в Суперлиге Португалии, в поединке против «Жил Висенте» он провел все 90 минут на поле. «Спортинг» победил со счетом 3:0.

До конца сезона Моутинью сыграл во всех оставшихся матчах Суперлиги и своей надежной игрой в полузащите помог клубу достичь третьего места в чемпионате и второго места в Кубке УЕФА.

В сезоне 2005/2006 Жоау сыграл в основном составе «Спортинга» во всех матчах Суперлиги, в которых забил 4 гола и сделал 6 голевых передач. В итоге «Спортинг» занял второе место в чемпионате, а Жоау стал единственным полузащитником в турнире, сыгравшем без единой замены.

Сезон 2006/2007 прошел для Моутинью и его клуба также хорошо, «Спортинг» снова стал вторым в чемпионате Португалии и выиграл кубок страны, а сам футболист смог отличится 7 забитыми голами за клуб.

Сезон 2007/2008 Моутинью начал с матча розыгрыша Суперкубка Португалии, в котором его клуб обыграл «Порто» со счетом 1:0.

В начале сезона Жоау получил капитанскую повязку и стал самым молодым капитаном в истории «Спортинга».

В итоге за сезон Моутинью в 56 поединках выводил своих партнеров по клубу на поле, забил 7 мячей и отличился 5 голевыми передачами. «Спортинг» снова стал вторым в Суперлиге и снова стал обладателем Кубка Португалии.

В сезоне 2008/2009, после неудачной попытки перейти в «Эвертон», Жоау снова сыграл практически во всех играх своего клуба в Суперлиге, в которых отличился 3 забитыми голами. Моутинью также забил единственный мяч своего клуба в матче 1/8 Лиги чемпионов против мюнхенской «Баварии», который за суммой двух матчей лиссабонский клуб проиграл со счетом 12:1.

Проведя в составе «Спортинга» еще один сезон, в котором клуб занял лишь 4 место в чемпионате Португалии, Жоау Мотинью решил покинуть клуб. Им заинтересовался «Порту», к которому летом 2010 года Моутинью и присоединился. Стоимость трансфера составила 11 миллионов евро.

В «Порту» Жоау сразу занял место в основе и в первом же сезоне провел в его составе 53 матча, смог отдать 7 результативных передач и забить 2 гола. В итоге в сезоне 2010/2011, не без помощи Моутинью, «Порту» выиграл Суперлигу, Кубок Португалии и Лигу Европы.

В составе «Порту» Моутинью провел еще два сезона, в которых дважды становился чемпионом страны, а в сезоне 2012/2013 Жоау, с 15 голевыми передачами, стал лучшим ассистентом Суперлиги.

24 мая 2013 года стало известно, что Моутинью покинет «Порту» и вместе с одноклубником Хамесом Родригесом перейдет во французский клуб «Монако».

В своем первом сезоне за клуб Жоау сыграл почти во всех играх Лиги 1, смог забить 1 гол и отдать 8 результативных передач, чем помог клубу завоевать второе место в турнире.

Международная карьера Жоау Моутинью началась в 2002 году с выступления за сборную Португалии в возрастной группе до 17 лет, за которую он играл на протяжении двух лет.

В 2004 году Моутинью провел несколько матчей в составе сборных возрастных групп до 18 и до 19 лет, за последнюю Жоау даже смог один раз отличиться.

В 2005 году Жоау пригласили выступать за молодежную сборную Португалии, в состав которой он регулярно вызывался до 2008 года.

В том же 2005 году Моутинью впервые вышел на поле в составе национальной сборной, он сыграл в товарищеской игре против Египта.

В 2008 году Жоау в составе сборной участвовал на Чемпионате Европы, где его сборная дошла до четвертьфинала.

В 2010 году играл на полях Южной Африки на Чемпионате мира, где сборная Португалии дошла до 1/8 турнира и была остановлена испанцами.

Участвовал Моутинью в составе сборной и в Чемпионате Европы 2012 года. Сборная Португалии дошла до полуфинала турнира, где была остановлена теми же испанцами.

Летом 2014 года в составе национальной сборной отправился на Чемпионат мира 2014 в Бразилию.