В 2005 году Муниз встречался с Джэйми Гэнди с которой познакомился во время съёмок фильма «Остаться в живых». Помолвку они объявили 19 июля 2005 года. Но помолвка была расторгнута.

В 2007 году Муниз начал встречаться с Элисией Мари, владелицей «Arcadia Vintage». 22 октября 2011 года Муниз объявил что пара обручилась. В настоящее время дата их свадьбы неизвестна.

В ноябре 2013 года Фрэнки Муниз был госпитализирован с «мини инсультом».