Джозеф Кони родился в 1961 году в деревне Одек на севере Уганды. Его семья представители древнего народа Ачоли.

Кони не окончил школы, так как решил стать католическим священником.

В 1985 году, под воздействием своей двоюродной сестры Эллис Лаквены, Кони изменил свои взгляды на угандийскую и африканскую жизнь, и даже на религию.

В 1986 году президентом Уганды стал Йовери Кагута Мусевени, тогда Эллис Лаквен, которая была лидером и основательницей политико-религиозного «Движения Святого Духа», решила сделать восстание. Но правительство подушило восстание силой и раненной Лаквен пришлось скрываться в соседней Кении.

После такого поведения правительства Кони решил снять с себя сан священника и стать революционером, чтобы отомстить за сестру. В 1987 году Кони провозгласил себя пророком для народа Ачоли и создал политико-террористическое движение «Угандийская народно-демократическая христианская армия», которое в конечном счете станет называться «Господня армия сопротивления».

Джозеф Кони решил, что новое, справедливое общество можно построить только из детей, не тронутых грехами современного мира. Кони сформировал небольшой отряд и начал захватывать деревенских детей. Спустя несколько лет Движение Кони насчитывало уже больше 2 тыс. человек.

Движение получило значительную силу в 1994 году, когда Кони получил поддержку правительства Судана, который стремился отомстить правительству Кампалы за поддержку суданских повстанцев.

В начале 2000-х годов Кони решил вступить в борьбу с племенами Конго за алмазы. Получив большой доход от продаж алмазов, Кони увеличил численность своей армии и количество боеприпасов.

В октябре 2005 года Международный уголовный суд выдал ордер на арест Кони, в котором обвинила его в 10000 убийств и похищений и порабощении более 24000 детей.

В 2006 году Кони вступил в переговоры, которые закончились в 2008 году мирным соглашением, но Кони отказался лично подписывать документы, пока не приостановят ордер на его арест.

С 2011 года идет активный поиск Джозефа Кони и его движения американскими и английскими спецназовцами.

В 2012 году Джозефу Кони был посвящен 30-минутный видеофильм «Кони 2012», в котором говорится о зверствах, совершенных Кони и ГАС.