Аарон Экхарт родился 12 марта 1968 года в г. Купертино, Калифорния, США. У него есть два старших брата, мать - детская писательница Мэри Лоуренс, отец - программист Джеймс С. Экхарт. В 1981 году семья переехала в Англию, где Аарон учился в школе американского сообщества ACS International School. Увлечение сценой Аарона началось со школьных спектаклей.

Через четыре года он уехал в Сидней, Австралия, где играл в постановке высшей школы «Waiting for Godot». В 1988 году Аарон Экхарт вернулся в США и поступил в университет Brigham Young University на Гавайях, а позже был переведён в филиал штата Юта. В 1994 году он получил степень бакалавра изобразительных искусств.

Будучи студентом, он снялся в специфической картине «Godly Sorrow», где познакомился с режиссёром Нейлом ЛаБутом. Он дал актёру ведущие роли в своих театральных постановках. Затем Аарон перебрался в Нью-Йорк, нанял собственного агента и занялся непримечательной работой, вроде вождения автобусов и таскания кирпичей на строительных площадках. Впервые на телевидении он появился в рекламном ролике, а в 1994 году снялся в эпизоде нашумевшего сериала «Беверли Хиллз, 90210».

Фильм «В компании мужчин» (1997) стал лауреатом премии New York Film Critics Circle Award, а сам Аарон Экхарт получил награду Independent Spirit Award в номинации «Лучший дебют». В 1998 году актёр сиграл в работе ЛаБута «Твои друзья и соседи». В 1999 году он сыграл главную роль в романтичной мелодраме «Молли».

В 2005 году он появился в картине «Здесь курят», где исследовал взаимосвязь между курением сигарет и раком лёгких. Фильм был представлен на специальном показе 35-го Международного кинофестиваля в Торонто. Аарон Экхарт был номинирован на «Золотой глобус» как «Лучший актёр комедийного или музыкального кино». Также в 2005 году он сыграл в паре с Хеленой Бонэм Картер в фильме «Порочные связи».

В 2006 году он появился в ленте-нуар «Чёрная орхидея», основанной на реальных событиях 1947 года. Весь мир смотрел на Аарона Экхарта как на секс-символа, а People назвал имя актёра среди ста самых красивых людей 2006 года. Через год он был приглашён в Академию кинематографических искусств и наук.

В 2008 году для роли в комедии «Привет, Билл!» Аарон Экхарт надел толстый костюм. В том же году он изображал персонажа комиксов Харви Дента в сиквеле Кристофера Нолана «Тёмный рыцарь».

В 2011 году сыграл главную роль в фантастическом фильме «Инопланетное вторжение: Битва за Лос-Анджелес».

Также в 2011 году с участием Аарона вышла картина «Экспат», в которой он сыграл роль Бена Логана.

В марте 2013 года состоялась премьера фильма «Падение Олимпа», в которой Аарон снялся вместе с Джерардом Батлером и Морганом Фриманом.