В 1999 году Джейсон Момоа начал встречаться с актрисой Симон Маккинон, с которой познакомился на съемках сериала «Спасатели Малибу». В 2004 году пара обручилась и даже запланировала свадьбу на 2007 год, но в 2006 году рассталась из-за отношений Джейсона с актрисой Лизой Бонет.

Джейсон Момоа познакомился с Лизой Бонет в 2005 году. 15 ноября 2007 года пара сыграла свадьбу.

За несколько месяцев до свадьбы, 27 июля 2007 года, Лиза родила Джейсону дочь Лолу Иолани.

15 декабря 2008 года у пары родился сын Накоа Вулф.