С 1997 года Джонатан в близких отношениях со сценаристом и режиссером Дженнифер Уэстфелд. Пара проживает в Лос-Анджелесе и Нью-Йорке. Джон и Дженнифер пока не оформляют свои отношения официально, но Хэмм говорит о своей избраннице, что для него она гораздо больше, чем просто подруга. Джонатан считает, что люди должны официально вступать в брак тогда, когда они готовы посвятить себя детям. Его карьера стремительно взлетела к вершинам, возможно, пара вскоре задумается и о детях.

Хэмм и Уэстфелд весной 2009 года создали свою собственную продюсерскую компанию «Points West Pictures».

Дженнифер и Джонатан ярые защитники животных и сами взяли на воспитание собаку из приюта в Калифорнии.