В 2007—2008 годах актриса встречалась с актёром Криспином Гловером, коллегой по фильму «Убийственная сексуальность».

С 2008 по 2011 год Эмбер встречалась с фотографом Тасей Ван Ри.

В декабре 2010 на вечеринке организации GLAAD Эмбер совершила каминг-аут как лесбиянка. По словам Хёрд, у неё хватило сил признаться в своей ориентации во многом из-за деятельности этого альянса. «Думаю, что GLAAD стала одной из причин, благодаря которым я, 24-летняя девушка, могу открыто говорить. Я ненавижу ярлыки, как и все остальные, но я та, кто я есть», — заявила актриса. «По моему личному мнению, если вы что-то отрицаете или скрываете, вы невольно признаете, что это неправильно. А я не чувствую, что я не права. Я не чувствую, что миллионы людей не правы из-за того, что любят тех, кого любят», — уверена она.

В июне 2012 года Эмбер Херд начала встречаться с актером Джонни Деппом.

В мае 2013 года стало известно, что Джонни Депп сделал Эмбер предложение руки и сердца.

В январе 2014 года Эмбер Херд и Джонни Депп помолвились.

3 февраля 2015 года Джонни и Эмбер поженились, а 8 февраля провели романтическую церемонию бракосочетания на одном из островов в Багамском архипелаге.