Ван дер Сар был включён в состав национальной сборной на чемпионат мира-1994 в роли дублёра Эда де Гуя, однако впервые он сыграл за сборную спустя год. 7 июня 1995 года в Минске матч отборочного турнира чемпионата Европы 1996 года в группе 5 Белоруссия — Нидерланды неожиданно завершился победой хозяев 1:0. Автором первого гола в ворота дебютанта стал Сергей Герасимец. Но с тех пор Ван дер Сар был первым номером команды на ЕВРО-1996, ЧМ-1998, ЕВРО-2000, ЕВРО-2004, ЧМ-2006 и ЕВРО-2008.

В четвертьфинале ЧЕ-2004 парировал послематчевый пенальти Улофа Мельберга, прервав чёрную полосу сборной Нидерландов в сериях пенальти. На чемпионате мира 2006 года побил рекорд Франка де Бура по числу матчей за национальную сборную.

В 2008 году объвил, что завершит выступления за сборную после чемпионата Европы. Осенью из-за травмы основного вратаря был вызван в национальную сборную во время отборочного цикла ЧМ-2010 и сыграл в двух матчах, не пропустив в них голов.