Первая жена Елена Шестакова танцовщица из балета Михаила Шуфутинского.

Вторая жена Юлия Клявер — бывшая танцовщица балета Лаймы Вайкуле. 6 октября 2001 года у Дениса и Юлии родился сын Тимофей Клявер.

В июле 2010 года Денис женился третий раз на Ирине Федотовой.

Денис Клявер имеет дочь от солистки группы «Гости из будущего» Евы Польны — Эвелину.