Борис Стругацкий родился 15 апреля 1993 года в г. Ленинград. Получил дипломом астронома Ленинградского госуниверситета, после работал в Пулковской обсерватории. С 1960 года Стругацкий — член Союза писателей.

С 1972 года — руководитель Ленинградского семинара молодых писателей-фантастов (впоследствии стал известен как «семинар Бориса Стругацкого»).

В 1986 году Борис Стругацкий стал обладателем Государственной премии РСФСР за сценарий к фильму Константина Лопушанского «Письма мёртвого человека».

Основной корпус литературных произведений Бориса Стругацкого был создан им в соавторстве с его братом Аркадием. Распространено мнение, что большинство их совместных произведений написано в жанре научной фантастики. Однако сам Б. Н. Стругацкий предпочитает называть своё и брата творчество «реалистической фантастикой», подчёркивая, что в центре его находится человек и его судьба, а иные планеты или техника будущего — не более чем «декорации».

Произведения братьев Стругацких выдержали более 500 изданий, в том числе, в переводах на 42 языка в 33 странах мира. Их именем названа международная литературная премия в области фантастики — «АБС-премия». Среди наиболее известных произведений фантастов — «Страна багровых туч», «Стажеры», «Трудно быть богом», «Понедельник начинается в субботу», «Улитка на склоне», «Малыш», «Обитаемый остров», «Пикник на обочине», «За миллиард лет до конца света», «Град обреченный», «Жук в муравейнике», «Отягощенные злом, или Сорок лет спустя», «Гадкие лебеди». Каждый из братьев публиковал также и собственные произведения, при этом Аркадий выступал под псевдонимами С. Ярославцев, а Борис — С. Витицкий.

Произведения братьев Стругацких неоднократно экранизировались. По книгам Стругацких сняты такие фильмы, как «Сталкер» Андрея Тарковского (по мотивам повести «Пикник на обочине»), «Чародеи» Константина Бромберга (по мотивам повести «Понедельник начинается в субботу»), «Дни затмения» Александра Сокурова (по книге «За миллиард лет до конца света»), «Трудно быть богом» Петера Флейшмана. В 2005 году вышел фильм Константина Лопушанского «Гадкие лебеди»

Аркадий Стругацкий ушёл из жизни в 1991 году. Борис Стругацкий с тех пор много работал с молодыми авторами.

С 2002 года издаёт журнал «Полдень XXI». В 2002 году Борис Стругацкий стал лауреатом премии президента РФ в области литературы и искусства.

В 2003 году выпустил роман «Бессильные мира сего» под псевдонимом С. Витицкий.

В 2008 году Борису Стругацкому присуждена медаль «Символ науки».

Борис Стругацкий скончался 19 ноября 2012 года после тяжёлой болезни.

Был женат на Аделаиде Андреевне Карпелюк, с которой познакомился в студенческие годы во время учёбы в ЛГУ. В 1959 году у них родился сын Андрей.