Бенжамен Мильпье родился в Бордо в 1977 году, в балетной семье.

С 13 лет учился в Лионской консерватории.

В 1992 году был принят в Школу американского балета в Нью-Йорке, в 1994 году выступил в постановке Джерома Роббинса в труппе Городского балета Нью-Йорка (с 2001 — этуаль этой труппы). Танцевал в постановках Роббинса, Баланчина, Эйфмана, Прельжокажа и других.

С 1994 года — художественный руководитель Балетного центра Марка Морриса в Бруклине.

С 2002 года выступает как хореограф.

В 2009 выступил хореографом в триллере Даррена Аронофски Чёрный лебедь и сыграл в нем одну из ролей.

В 2011 году объявил о завершении своей карьеры танцовщика.