Искандер Фазиль Абдулович родился 6 марта 1929 года в Сухуми. Отец, иранец по происхождению, в 1938 году был выслан из СССР, мальчик рос у родственников по материнской (абхазской) линии.

Поступил в Московский Библиотечный институт, в 1951 году перевелся в Литературный институт им. А. М. Горького (окончил в 1954 г.).

Был литературным сотрудником газет «Брянский комсомолец» (1954–1955 гг.) и «Курская правда» (1955–1956 гг.).

Начал печататься в 1952 году. С 1956 года до начала 1990-х годов жил в Сухуми, работал в Абхазском государственном издательстве, регулярно публиковал стихи в журнале «Литературная Абхазия»; выпустил книги стихов Горные вершины (1957 г.), Доброта земли (1959 г.), Зеленый дождь (1960 г.), Дети Черноморья (1961 г.), Молодость моря (1964 г.).

С конца 1950-х годов публикуется также в журналах «Юность», «Неделя» и «Новый мир» наряду с В. П. Аксеновым, О. Г. Чухонцевым и др., выступив с рассказами Петух, Рассказ о море, Должники, Мой дядя самых честных правил (сборники Тринадцатый подвиг Геракла, Запретный плод, оба 1966 г., и др.), в которых проявил себя мастером колоритных сатирических зарисовок и этнографического бытописания.

Мгновенную и громкую известность принесла Искандеру повесть Созвездие Козлотура (1966г.) — полный юмора и гротеска рассказ о типичном явлении советского времени, очередном «почине». Абхазскому селу предписано срочно заняться скрещиванием козла с туром для выведения некой необыкновенно продуктивной породы.

«Начинание хорошее, но не для нашего колхоза» — эта формула осторожного и твердого отказа от невежественного и разорительного «эксперимента» стала крылатой. Проявившийся в повести характерный для Искандера сплав яркого, с точным ощущением национального характера, литературного этнографизма, богатой смеховой палитры (от мягкого юмора до беспощадного сарказма), «камерного» лиризма и социально-политического обличения, двуплановости «эзопова» языка и сочности живой разговорной речи отличает и многочисленные произведения-воспоминания Искандера, написанные от лица (или посредством введения этого образа) Сандро, народного героя, старика и юноши одновременно.

Центральное из них — роман Сандро из Чегема (1973–1988 гг., полное изд. 1989 г.), состоящий из публикуемых с 1966 годаотдельных фрагментов (одноимен. рассказ, Дядя Сандро и пастух Кунта, Чегемские сплетни, Пастух Махаз и др.), в котором главный герой претендует на роль, родственную образам Тиля Уленшпигеля или Ходжи Насреддина — плута и мудреца, выразителя национального характера и народной «фронды», и где история страны и в ней — абхазского народа передается через призму его насмешливо-разоблачительного восприятия (особенно примечательна здесь глава Пиры Валтасара, где наряду с вымышленными героями действуют гротесково-пародийные образы Сталина, Калинина, Берии и др.).

Проблема катастрофического несовпадения патриархального мира национальной «окраины» и советской «метрополии» с ее политическим и экономическим диктатом высвечивается также в «детских», проникнутых, как и все творчество Искандера, автобиографически-мемуарными мотивами, повестях и рассказах о Чике (в т. ч. Защита Чика, 1983 г.), в рассказах Начало, Лов форели в верховьях Кодора, вызвавшем у некоторых критиков даже обвинение в национализме, Летним днем, Письмо, Встреча в поезде, Бедный демагог (все 1969 г.) и др., вплоть до ностальгически звучащих повести Сумрачной юности свет (1990 г.), романа Человек и его окрестности (1992–1993 гг.), рассказа Софичка (1995 г.).

Метафорической обнаженностью, в духе и стилистике мировой антиутопии 20 в. (Е. И. Замятин, О.Хаксли, Дж. Оруэлл), выделяется философско-политическая повесть-сказка Искандера Кролики и удавы (1982 г., США; 1987 г., М.), в которой государство, предводимое диктатором Великим Питоном и состоящее, с одной стороны, из пожирателей-змей, а с другой — из молчаливо, с благословения своего Короля, идущих к ним на пищу кроликов и бессловесных работяг-туземцев, заклеймено язвительной сатирой во всех своих слоях, согласившихся на столь противоестественный и каннибалистский «общественный договор». Своеобразную форму протеста (свобода самоубийства в ответ на смерть по принуждению) предлагает писатель в рассказе Широколобый.

Серьезностью конкретного психологического анализа в контексте нравственной атмосферы всего общества отмечены повесть Искандера Морской скорпион (1977 г.), а также повесть Маленький гигант большого секса (1979 г., экранизирована). Криминализация и фактическая дегуманизация общества «победившего социализма» раскрывается писателем в социально-психологических и нравоописательных, отмеченных при этом сюжетной остротой детективного повествования рассказах Бармен Адгур и Чегемская Кармен (оба 1986 г.; широкую известность приобрела экранизация последнего — фильм Воры в законе, 1989 г.), а кризисное сознание и утрата иллюзий постсоветского социума — в повестях Пшада (1993 г.), Думающий о России и американец (1997 г.).

Искандер удостоен ряда престижных отечественных и зарубежных литературных премий.

В 2006 году участвовал в создании книги «Автограф века».

В настоящее время живет в Москве.

В 2011, в день своего 82-летия, Фазиль Искандер заявил: «Я — безусловно русский писатель, много воспевавший Абхазию. По-абхазски я, к сожалению, не написал ничего. Выбор русской культуры для меня был однозначен».