В Москве и в Санкт-Петербурге действуют Боткинские больницы. Также в городе Орле больница названа его именем.

В 1898 в память о заслугах выдающегося врача Самарская улица в Санкт-Петербурге была переименована в Боткинскую улицу. На доме № 20 установлена мемориальная доска.

В сквере перед клиникой на углу Боткинской улицы и Большого Сампсониевского проспекта 25 мая 1908 года установлен памятник (скульптор В. А. Беклемишев).

На территории Боткинской больницы в 1920-х годах был установлен бюст работы И. Я. Гинцбурга (1896).