Искандер Махмудов родился 5 декабря 1963 года в Бухаре в семье преподавателей.

В 1984 году, окончив институт, Искандер Махмудов отправился на работу в Ливию, где работал переводчиком в Главном инженерном управлении Ливии.

С 1986 по 1988 год работал переводчиком в Управлении строительства военных объектов генштаба Ирака.

В 1988 году перебрался в Ташкент, где начал работать в компании «Узбекинторг».

В 1990 году Искандер Махмудов переехал в Москву, где вместе со своим земляком Михаилом Черным, начал работать в компании Trans Commodities.

С 1991 по 1994 год работал заместителем директора по маркетингу в компании «Алис».

С июля 1994 по февраль 1996 года Махмудов был директором «Промышленно-финансовой компании «Мета Сервис».

В 1996 году Махмудов стал директором Гайского горно-обогатительного комбината - ведущего предприятия на Урале по добыче медной руды.

В 1999 году в ходе распада трейдинговой компании Trans World Group, контролировавшей крупнейшие российские металлургические предприятия, Махмудов получил контроль над заводом «Уралэлектромедь», ставшим основой УГМК (Уральской горно-металлургической компании).

В 2002 году предприятия перешли под управление компании «УГМК-Холдинг», владельцем которой также стал Махмудов.

В 2012 году с состоянием в 8,2 миллиарда Махмудов стал 16 в российском списке Forbes.

В конце ноября 2012 года Искандер Махмудов приобрел контрольный пакет акций футбольного клуба ЦСКА Москва.