В 2000 году Шакира начала встречаться с Антонио де ла Руа, сыном тогдашнего президента Аргентины Фернандо де ла Руа. В марте 2001 года Антонио сделал ей предложение. Пара планировала пожениться в сентябре 2001, но в интервью в сентябре того же года Шакира опровергла эту информацию как недостоверный слух.

В январе 2011 года Шакира официально объявила о разрыве со своим возлюбленным, сыном экс-президента Аргентины Антонио де ла Руа, после почти 11 лет совместной жизни.

«На протяжении почти 11 лет мы горячо любили друг друга… Это были самые прекрасные годы нашей жизни… Между тем, с августа 2010 года наша любовная связь по взаимному согласию временно прервалась, хотя мы продолжали работать вместе, держа произошедшее в секрете», — говорится в её совместном с Антонио обращении «к друзьям и поклонникам», опубликованном на сайте поп-звезды.

В настоящее время Шакира встречается с защитником «Барселоны» Жераром Пике. Слухи об их романе появились ещё в ноябре 2010 года, но официально она подтвердила их отношения 29 марта 2011 года в своём «Твиттере».

26 июня 2012 года Вильям Шадид – отец Шакиры – подтвердил информацию о том, что его дочка беременна. Шакира ждет ребенка от Жерара Пике.

19 сентября 2012 года Шакира подтвердила слухи о своей беременности, давно циркулировавшие в СМИ. Сообщение о беременности она разместила на своем официальном сайте. Певица сообщила, что она и ее возлюбленный, защитник футбольного клуба «Барселона» Херард Пике, ждут своего первого ребенка. Она добавила, что из-за беременности не сможет участвовать в музыкальном фестивале iHeartRadio, который пройдет 21 и 22 сентября в Лас-Вегасе.

В начале октября 2012 года Шакира рассказала, что у нее и у ее возлюбленного Жерара Пике будет мальчик.

22 января 2013 года в Испании Шакира родила сына, которого назвали Милан Пике Мебарак. Роды проходили в частной клинике Teknon в Барселоне и певица предпочла рожать при помощи кесарева сечения.

В июле 2014 года стало известно, что Шакира и Жерара Пике ждут второго ребенка.

30 января 2015 года стало известно, что Шакира родила второго ребенка. Роды прошли успешно и без осложнений путем кесарева сечения в госпитале Quiron Tecknon в Барселоне. Новорожденного сына Шакира и Жерар назвали Саша Пике Мебарак.