В конце 1990-х годов Анна Михалкова вышла замуж за бизнесмена Альберта Бакова. В 2000 году у них родился сын Андрей, а в 2001 году - Сергей.

В 2006 году Анна и Альберт расстались, но спустя год пара вновь сошлась.

9 сентября 2013 года у Анны и Альберта родилась дочь Лидия.