Родился 20 сентября 1746 года в словацком г. Врбове. Его отец Самуэл был австрийским полковником словацкой национальности, мать Розалия Ревай — дочь спишского епископа венгерских и словацких кровей. Военную карьеру начал в 16 лет, выступив на стороне австрийцев во время Семилетней войны.

После войны 17-летний дворянин попытался завладеть землями своей матери, которые после её смерти отошли к её дочерям от первого брака. Обвинённый зятем в самоуправстве, Бенёвский попал под суд. Военные подозревали его в дезертирстве, церковь — в ереси. В этих условиях Бенёвский тайно покинул владения Габсбургов и присоединился в 1768 году к польским повстанцам Барской конфедерации. Во время боевых действий он проявил себя с лучшей стороны, завязал знакомства с Казимиром Пулавским и другими деятелями польского национального движения.

По подавлении восстания Бенёвский был взят в плен русскими войсками и интернирован в Казань, где во время тюремного бунта сумел вырваться на свободу. Когда он готовился отплыть из Петербурга на голландском судне, конфедерата задержала царская полиция. В наказание за строптивость он был переведён на Камчатку, где по просьбе губернатора стал преподавать музыку его дочери. В скором времени он сумел пленить её сердце и убедил следовать за собой в Европу (хотя там изгнанника ожидала законная жена).

7 мая 1771 года Бенёвский и другие польские ссыльные взбунтовались, убили губернатора, захватили боеприпасы, казну и военный корабль, на котором отплыли в сторону Курильских островов. Губернаторская дочь погибла во время перестрелки с преследователями. Несколько русских во главе с Герасимом Измайловым пожелали вернуться в Россию обратившись для этого к русскому консулу в Париже где через два месяца ими было получено от Екатерины II разрешение, а сам Бенёвский сумел доплыть до голландской фактории в Нагасаки, где написал 6 знаменитых писем, после посещения острова Формозы перебрался 23 сентября в португальскую колонию Макао, где продал корабль.

По обратной дороге в Европу французский корабль с Бенёвским завернул на остров Мадагаскар, в то время европейцам почти совсем ещё не известный. Молодой авантюрист загорелся мыслью о его колонизации.

В 1772 году Бенёвский объявился в Париже, где встретился с Людовиком XV, который поддержал его план освоения африканского острова, расположенного вблизи важных морских путей.

Заручившись поддержкой французов, Бенёвский в феврале 1774 году высадился на Мадагаскаре, сопровождаемый командой из 21 офицера и 237 моряков. Не встретив серьёзного сопротивления, они приступили к постройке «столицы» острова — города Луибур.

В 1776 году 1 октября вожди местных племён избрали Бенёвского королём. Растущая самостоятельность словака встревожила французских наместников близлежащих островов Маврикия и Реюньона, которые завалили Версаль депешами самого неблагоприятного для Бенёвского содержания. Вследствие такого оборота событий помощь из Франции перестала поступать.

В лагере Бенёвского свирепствовали тропические болезни; число европейцев под его начальством сократилось до 63-х. Это вынудило Бенёвского свернуть свою деятельность и вернуться в Париж, где он получил от короля звание генерала и орден св. Людовика. Поскольку ожидаемых сокровищ на Мадагаскаре не было обнаружено, версальский кабинет принял решение положить проект его дальнейшего освоения под сукно.

Во время пребывания в Париже Бенёвский увлёкся шахматами (впоследствии подарил шахматной науке мат Беньовского) и на этой почве сблизился с американским посланником Бенджамином Франклином, который впоследствии принимал деятельное участие в воспитании его детей. Через посредство Франклина он рассчитывал заинтересовать в покорении Мадагаскара американское правительство, однако по ту сторону Атлантики к колониальному проекту Бенёвского отнеслись холодно, по-видимому, не желая обострения отношений с французами.

Когда в Европе разгорелась Война за баварское наследство, Бенёвский вновь взялся за оружие на стороне австрийской короны. Это вполне примирило его с венским двором. Более того, императрица Мария Терезия даровала ему титул графа. Вернувшись в наследственный замок в Бецковской Вьеске, Бенёвский пишет мемуары и проект развития австрийской морской торговли в Далмации. Услышав об Американской войне за независимость, искатель приключений устремляется в Америку, рассчитывая вместе с Пулавским вновь побороться за идеалы свободы.

После гибели Пулавского словаку не оставалось ничего иного, как вернуться в Европу, однако здесь он пробыл недолго и уже в 1781 году предложил свои услуги лично Джорджу Вашингтону. Он рассчитывал набрать в Германии полк наёмников и переправить их в Америку. Затишье в боевых действиях позволило Бенёвскому навестить родного брата на Гаити и отрекомендоваться новому австрийскому императору, который наконец одобрил его проект колонизации Мадагаскара.

Тем не менее средства на осуществление этого плана так и не были выделены.

По-прежнему озабоченный снаряжением экспедиции на Мадагаскар, Бенёвский отправился в 1783 году на поиски финансирования в самый богатый город Европы — Лондон. Ему удалось увлечь своим предприятием Джона де Магеллана, учёного, потомка знаменитого мореплавателя. Бенёвский и Магеллан учредили англо-американскую торговую компанию. Чтобы привлечь к проекту заокеанских дельцов, искатель удачи вновь посетил Новую Англию (в 1784 году).

В 1785 году Бенёвский направился представлять интересы англо-американского консорциума на Мадагаскар. Во время тропического шторма его корабль унесло к берегам Бразилии, где понадобилось несколько недель на устранение повреждений.

Наконец достигнув цели своего путешествия, Бенёвский убедил туземцев изгнать французских представителей с острова и основал новую столицу — город Мавритания, назвав его собственным именем.

Уязвлённое деятельностью Бенёвского, французское морское ведомство спешно снарядило против него военную экспедицию. В мае 1786 года прибывшая из Индии французская эскадра неожиданно пошла на штурм Мавритании, во время которого «император» погиб от шальной пули. Похоронен Бенёвский был на Мадагаскаре, рядом с двумя русскими товарищами, вместе с которыми когда-то осуществил побег с Камчатки.

Одна из улиц мадагаскарской столицы Антананариву носит имя знаменитого словака.