В 2001 году Рудковская вышла замуж за бизнесмена Виктора Батурина, в их семье родилось двое детей. Но в 2008 пара развелась. Вторым мужем Яны Рудковской стал Плющенко. Известный фигурист, олимпийский чемпион Евгений Плющенко и Яна Рудковская зарегистрировали свой брак в сентябре 2009 года.

В июле 2012 года Рудковская и Плющенко объявили всем, что ждут пополнение в своей семье. 6 января 2013 года у пары родился сын Александр.