Во время съемок фильма «Страна садов» Зак встречался с Бони Самервиль. Она исполняла саундтрек к этому фильму. Летом 2004 года актер начал встречаться с певицей и актрисой Менди Мур. С июня 2007 Зак Брафф начал встречаться с актрисой Шири Эпплби.

Зак дружит с певицей Лорин Хилл, с которой выпустился из школы. Его близкий друг — Дональд Фэйсон.