Отец Николай Дмитриевич Малахов (1947 — 22 марта 2006) был геофизиком, его направили в Апатиты изучать ископаемые Кольского полуострова.

Мать Людмила Николаевна Малахова была воспитателем в детском саду, потом заведующей.

С июня 2011 г. женат на Наталье Викторовне Шкулёвой (род. 31 мая 1981), издателе группы журналов ELLE, с которой отпраздновал свадьбу в Версальском дворце в Париже.