Родился 11 января 1972 года в городе Апатиты Мурманской области.

В 1995 году окончил факультет журналистики МГУ им. М.В. Ломоносова, в течение полутора лет стажировался в Мичиганском государственном университете. Еще во время учебы проходил практику в отделе культуры газеты «Московские новости», был автором и ведущим программы «Стиль» на радио «Максимум».

С 1992 года Андрей Малахов года делал сюжеты для программы «Воскресенье с Сергеем Алексеевым» (первый канал «Останкино»), озвучивал и писал авторские тексты для рубрики «Погода на планете».

С 1995 года — штатный редактор международной информации программы «Утро», автор и ведущий рубрики «Стиль». Был корреспондентом, затем специальным корреспондентом Дирекции информационных программ ОРТ.

С 1996 года Андрей Малахов специальный корреспондент и ведущий телеканала «Доброе утро».

В 1998 году поступил но юридический факультет Российского государственного гуманитарного университета (РГГУ). Признан «самым стильным телеведущим» по опросу телезрителей за первое полугодие 1998 года.

С 2001 по 2004 год Андрей Малахов был ведущим передачи «Большая стирка».

С 2004 по 2005 год — ведущим передачи «Пять вечеров».

В 2005 году Андрей Малахов начал вести ток-шоу «Пусть говорят» на Первом канале.

С 10 апреля 2006 года по май 2006 года — соведущий телепередачи о народной медицине «Малахов+Малахов».

В сентябре 2007 года был ведущим второго конкурсного дня фестиваля «Пять звёзд» вместе с певицей и телеведущей Анной Седоковой.

В 2008 году приглашён в жюри Высшей лиги КВН.

С 2005 год по 2007 год был ведущим программы «Золотой граммофон» на Русском радио, а с 2007 год по 2008 год был ведущим телеверсии хит-парада «Золотой Граммофон» на «Первом» канале (позже эта программа получила другое название «Высшая Лига»).

В 2008 году в паре с Анной Седоковой вёл самое дорогое шоу на украинском телевидении «Телезвезда-Суперзвезда» (телеканал «Украина»).

В 2008 году участвовал во втором сезоне телепроекта Первого канала «Две звезды» в паре с певицей Машей Распутиной.

В конце 2008 снял новогоднюю программу с давно не появлявшейся на экранах Народной артисткой СССР Людмилой Зыкиной.

В 2009 был соведущим полуфинала «Евровидения» в Москве в паре с фотомоделью Натальей Водяновой, а также соведущим на церемонии открытия «Евровидения» в паре с певицей Алсу.

Колумнист программы «Инфомания» на «СТС»

С 24 июля 2010 года по 19 марта 2011 года являлся ведущим телепередачи «Детектор лжи».

Комментировал гала-концерт «Минута славы» (эфир от 25 декабря 2010 года).