С 1988 по 2003 год состояла в гражданском браке с английским профессором Дэнни Мозесом и родила двух детей, дочь Саманту в 1996 году и сына Чарльза в 2002 году.

С 2004 года по настоящее время составляет гомосексуальную пару с активисткой образовательного движения Кристин Маринони. В 2009 году пара объявила о помолвке.

В феврале 2011 года Кристин родила сына, Макса Эллингтона Никсон-Маринони.

27 мая 2012 года Синтия и Кристин поженились.