Родилась 9 апреля 1966 года в Нью-Йорке (штат Нью-Йорк, США). Выросла на Манхэттене.

Единственный ребёнок в семье, она была отдана после развода родителей на воспитание жизнелюбивой и уверенной в себе маме.

Она стала актрисой в двенадцать лет, в пятнадцать получила свою первую театральную премию, а в восемнадцать считалась «бродвейским чудом», потому что играла главные роли сразу в двух популярных мюзиклах. При этом девушка не только не бросила школу, но и умудрилась поступить в колледж.

Бродвейская карьера Синтии включает в себя роли в спектаклях «Последняя ночь абсурда», «Ангелы в Америке», «Опрометчивый шаг» (за роль в этом спектакле была номинирована на театральную премию «Тони»), «Хроники Хайди» и «Филадельфийская история» (за роль в этой постановке Синтия была удостоена Мировой театральной премии).

Синтия Никсон помимо театральной карьеры на Бродвее является соучредителем театральной компании «Драма департмент». Она участвовала в качестве продюсера в проекте Дугласа Картера Бина «Загородный клуб», а также сыграла в пяти из девяти спектаклей, поставленных в рамках этого проекта. За роль Крошки в пьесе «Кто боится Виржинии Вульф» в постановке Эдварда Олби актриса была удостоена премии Общества театральных критиков Лос-Анджелеса.

Кинодебют актрисы состоялся в 1980 году. С тех пор ей удалось поработать со многими известными кино- и театральными режиссёрами.

Настоящая слава пришла к Синтии, после того, как ее подруга Сара Джессика Паркер предложила ей роль своей подруги в сериале «Секс в большом городе» (1998—2004).

В 2008 году вышла полнометражная картина «Секс в большом городе», а в 2010 году продолжение «Секс в большом городе 2».

В 2011 году с участием Синтии вышло два фильма, это «Слишком крут для неудачи» и «Бастион», а в 2012 году она снялась в сериале «Бесконечный мир».